L'Università di Perugia ha ormai oltre sette secoli di vita e la nascita della Facoltà di Farmacia risale a molti anni fa.

Le prime testimonianze storiche della Facoltà di Farmacia sono frammentarie, ma ci sono chiari documenti che ne fanno risalire l'esistenza all'inizio del XIX secolo. Nell'Anno Accademico 1809/10, fu elaborato un "Provvisorio Progetto per la Cattedra nelle Arti" per distribuire quelle Cattedre che non appartenevano alla Facoltà di Legge. In questa occasione, fu creata la Cattedra di Farmacia e, con il regolamento degli studi dell'Università di Perugia del 1821-1824, essa fu trasformata in un "Corso di Laurea in Farmacia" di due anni che faceva parte della Facoltà di Medicina. Il Regolamento Leonino del 1833 decretò che questo corso dovesse essere preceduto da un "curriculum studiorum" della durata di due anni di Filosofia e da un Baccalaureato in Filosofia.

Successivi decreti, culminati nel Regio Decreto n. 2146 del 4 marzo 1865, definirono la natura del Corso di Chimica Farmaceutica. L'insegnamento era coordinato da una "Scuola di Farmacia" e la durata del corso fu prolungata da due a tre anni. Nel 1877, la Scuola di Farmacia diveniva Facoltà e conferiva il "Diploma in Farmacia". Questo corso di diploma aveva la durata di quattro anni, tre anni di studi universitari ed un anno di pratica professionale. Oltre a questo diploma, con il Regio Decreto n. 2102 del 30 settembre 1923, la Facoltà di Farmacia di Perugia conferiva una laurea in "Chimica e Farmacia" dopo quattro anni di studi universitari ed un anno di pratica professionale. Nel 1936, il Regio Decreto n. 2045 stabilì alcune nuove regole in base alle quali la Facoltà di Farmacia conferiva una Laurea in Farmacia dopo un corso di studi di quattro anni.

Nel febbraio 1971, il Decreto del Presidente della Repubblica n. 293 fondò un secondo corso di Laurea nella Facoltà di Farmacia dell'Università di Perugia. Questa laurea prese il nome di Chimica e Tecnologia Farmaceutiche. I Regolamenti per i due corsi di laurea - quattro anni per Farmacia e cinque anni per Chimica e Tecnologia Farmaceutiche - non cambiarono fino all'A.A. 1991/1992 cioè sino a quando non entrarono in vigore i nuovi regolamenti del nuovo statuto della Facoltà (Gazzetta Ufficiale dell'8 ottobre 1991).

Con i nuovi regolamenti, la Laurea in Farmacia ebbe la durata di cinque anni ed un numero complessivo di 25 esami, mentre la laurea in Chimica e Tecnologia Farmaceutiche rimase un corso di cinque anni con un numero complessivo di 30 esami. Successivamente, sono state apportate ulteriori modifiche all'ordinamento dei due Corsi di Laurea sino ad arrivare alla situazione attuale in cui la Facoltà gestisce due Corsi di Laurea Magistrale (CdLM) a ciclo unico in Farmacia e Chimica e Tecnologia Farmaceutiche, un Corso di Laurea Magistrale in Biotecnologie Farmaceutiche e due Corsi di Laurea triennali in Controllo di Qualità nel Settore Industriale Farmaceutico ed Alimentare ed in Informazione Scientifica sul Farmaco. Inoltre, sono stati attivati un Corso di Laurea Magistrale Interfacoltà in Scienza dell'Alimentazione e Nutrizione Umana e due Corsi di Laurea triennali Interfacoltà in Tecniche Erboristiche e Biotecnologie (indirizzo Farmaceutico). Attualmente, afferiscono alla Facoltà anche due Scuole di Specializzazione una in Farmacia Ospedaliera ed una in Chimica e Tecnologie Alimentari.

Presidi della Facoltà di Farmacia:

Prof. Massimo CURINI
(2011/2012 - )

Prof.  Carlo ROSSI
(2003/2004 - 2010/2011)

Prof. Maria Cristina FIORETTI CECCHERELLI
(1994/1995 - 2002/2003)

Prof. Marcello TIECCO
(1988/1989 - 1993/1994)

Prof. Giuseppina SCASSELLATI SFORZOLINI
(1980/1981 - 1987/1988)

Prof. Giuseppe PORCELLATI
(1977/1978 - 1979/1980)

Prof. Alessandro SEPPILLI
(1960/1961 - 1976/1977)

Prof. Cesare FINZI
(1955/1956 - 1959/1960)

Prof. Ubaldo SAMMARTINO
(1945/1946 - 1954/1955)

Prof. Francesco CEDRANGOLO
(1943/1944 - 1944/1945)

Prof. Aldo SPIRITO
(1941/1942 - 1942/1943)

Prof. Antonio ANGELETTI
(1939/1940 - 1940/1941)

Prof. Primo DORELLO
(1938/1939)

Prof. Cesare FINZI
(1929/1930 - 1937/1938)

Prof. Bernardo DESSAU
(1921/1922 - 1928/1929)

Prof. Giuseppe BELLUCCI
(1919/1919 - 1920/1921)

Prof. Carlo RUATA
(1886/1887 - 1917/1918)

Prof. Giovanni PENNACCHI
(1882/1883 - 1885/1886)

Prof. Sebastiano PURGOTTI
(1877/1878 - 1881/1882)